После нахождения часов Омнитрикс Бен целое лето провел в компании своей спокойной и рассудительной кузины Гвен и дедушки Макса, то и дело превращаясь в разные инопланетные существа. Действие фильма разворачивается как раз в тот момент, когда каникулы подходят к концу и Бен возвращается в свой родной город и опять становится обычным ребенком.
Однако дома уже не так спокойно как было раньше, особенно теперь, когда Эон, заклятый враг Бена из другой галактики, возвращается, чтобы вернуть себе часы и разрушить Землю. И вот теперь Бен, Гвен и дедушка Макс пытаются с помощью Омнитрикса остановить Эона и спасти мир от полного уничтожения!