Чтобы противодействовать этому, было создано Бюро Общественной безопасности, так называемый «9-й отдел». Возглавляет эту спецгруппу майор Мотоко Кусанаги, или призрак в доспехах, как её ещё называют – киборг особенного типа. Задача 9-го Отдела – не допустить, чтобы кибер-хакеры заставляли важных государственных деятелей принимать определённые политические решения, навязанные кем-то по заказу.
Особенно выделяется среди всех хакеров Кукловод – загадочный сетевик, чья деятельность уже привела к ряду нежелательных потрясений. Кукловод действует словно призрак, только без доспехов – поймать его абсолютно невозможно, хотя защищаться он даже не думает. Однако Мотоко Кусанаги не ослабляет стараний, направленных на поимку преступника. Для этого «призрак в доспехах» принимает очень рискованное решение, поставив на кон всё...